故事一開始張無忌被關在武當山下的屋內，調查屋子的門離開小屋，然后從地圖右上的出口上武當山，山道上會發生戰斗，張無忌被人擄走。武當山上上演張翠山夫婦自刎劇情，張無忌在大殿內因寒毒發作暈厥。
　　
 兩年后，無忌醒來先去紫霄殿內殿找張三豐，對話后去找宋遠橋、俞蓮舟、張松溪讓他們傳授武功，分別會獲得梯云縱秘籍、六和勁秘籍、武當長拳秘籍和小擒拿手秘籍。隨后張三豐會帶無忌上少林求取九陽真經，來到武當山下城鎮，進入河岸地形，然后經過漢水渡口南，再進入河岸地形，按A鍵改變同伴的AI類型為死士型，這樣張三豐會解決所有敵人，你只要負責撿錢和煉藥材料就可以了，盡量多打點錢，這樣在少林寺山下城鎮就可以買件七色袍和鐵制手套，以后的戰斗會輕松很多，盡量就不要用修改了，游戲改了就沒有多大意義了。

 來到少林寺山腰，空聞斷然拒絕了張三豐的請求，無奈之下張三豐只得帶無忌返回武當，途中經過漢水時救下常遇春，常遇春為報答救命之恩決定帶無忌去蝴蝶谷找胡青牛醫治，而同時救下的周芷若則由張三豐帶回武當。
　　
 來到蝴蝶谷之后，胡青牛拒絕為無忌醫治，常遇春也拒絕了胡青牛的醫治，無忌與小童對話知道需在毒花林和百草林能找到何首烏、紫河車、大黃制成紫雪寶丹才能救常遇春。如果之前買有裝備的話戰斗就會很容易了，打到需要的物品再回去醫治常遇春，救好常遇春之合他會離開。
　　
 又過了兩年，無忌遇到了紀曉芙等人上門求醫。無忌先為她稍加診治，隨后再去請示胡青牛，胡青牛不治非明教底子，但是無忌會以巧妙的方法套出藥方，隨后在百草里和毒花林里找到藥材桃仙、大黃、五味子、五靈脂、熊膽、玉蜜蜂漿便可讓小童配藥。但是當晚發現有人在藥里下毒，次日與紀曉芙商議后得知是金花婆婆害了這些門派的人，胡青牛得知此事趕去救王難姑，按照胡青牛的藥方救下王難姑就會發生胡青牛講述與王難姑前塵往事的劇情，之后金花婆婆來到，在無忌的幫助下，金花婆婆鎩羽而歸，無忌因此獲得了醫經與毒經。滅絕師太來到蝴蝶谷要紀曉芙去殺楊逍，紀曉芙寧死不從而遭滅絕殺害，她臨終前讓無忌帶著楊不悔去昆侖山坐忘峰找楊逍。

 這時畫面會轉到死亡村莊廢墟，先買一個人參和南星，走過橋的好邊，找到范峰、范子嫣，跟范子嫣說話，對話選項時選擇愿意給他一條人參，這樣長大之后在濠洲城會又遇到武器商人范峰，對話之后張無忌會得到無名護手，這樣最強的護手就到手了。
　　
 再走回去點詹春與蘇習之與他們對話，用南星就給他們解毒，之后會結伴上昆侖山，然后為何太沖的愛妾五姑治病，在房屋邊上打一條蛇得靈脂蘭，治好五姑之后何太沖設宴款待，但是宴席上的酒卻有毒，無忌保護楊不悔逃出了昆侖派，然后去昆侖山后山關琳琳、郭青，他們被人點了穴，選擇救他們后無忌根據胡青牛的醫術所記載來解穴，但是第一次他們只能說話，仍然不能動彈，再對話了解被點穴原因，選擇繼續解穴就能得到四象拳秘籍。走出昆侖派大殿再到昆侖山山腳下何太沖夫婦會來追殺，這時楊逍會出手相救，楊家父女團聚，無忌離開昆侖山。

 來到昆侖山山下城鎮之后換上牛皮鞋、狂擊手套和金織頭冠，找到小孩廖勝先，對話之后會新增尋找千年雪蓮、千年雪參的任務，無忌進入下方的區域進入亂石地形，無忌會發現自己迷路了，前進到劇情時會打倒幾條狗救下小猴子，之后無忌會受傷昏倒，到醒來后發現身在朱武連環莊的仆奴丫鬟房間，去大殿見到衛壁和武青嬰前來拜年，隨后無忌偷聽朱九真等三人的談話，但卻因為笑出聲而被迫與衛壁動手，獲勝后朱長齡前來維護無忌，次日假冒金毛獅王的人來朱武莊生事，無忌將其識破并說出自己的真實身份，并約好與眾人一起準備前往冰火島，某日晚朱九真將小張無忌點穴之后，到連環莊庭院跟小鳳說話，小鳳會請小張無忌幫她捉十條蛇，話說完之后直接傳送到森林地形，打死十條蛇之后，會回到庭院，跟小鳳說完話之后會得到鐵制手套，之后跟蹤朱九真發現了他們欲借無忌之手奪取屠龍刀的陰謀，無忌被迫在大殿與朱長齡決戰，在逃離朱武莊時與朱長齡一起跌落懸崖。
醒來后無忌身在驚神峰山谷，打倒白猿為其醫治發現肚了里的《九陽真經》，之后無忌就長大了，這時再與白猿對話，然后再去另一邊再找白猿，點擊前面的石塊就會發現金織靴、象牙戒指、金錢500，之后再去找朱長齡，但是無忌卻被朱長齡設計摔斷了雙腿。

 畫面一轉，蛛兒來了，與她談完話后，何太沖一行人來找蛛兒尋仇，無忌暗中出手擊退眾人。就在蛛兒要帶無忌離開村莊的時候卻遇到了滅絕師太，滅絕將二人帶到了大漠，在滅絕與明教的交手中，無忌挺身而出接下滅絕三掌，但是蛛兒卻被韋一笑擄走，無忌趕緊追了上去，這里有很長的一段路程，途中會經過六大派再加明教五行旗的地圖，在這里不能貪多，打一會兒就去昆侖山壁道存檔，最好去打少林派，因為錢多，不像峨嵋派，窮得不像樣，話說回來，少林一個個都是大款來著，不僅有200多的錢，并且有汲水長衫，汲水鞋等現時不錯的裝備，還有寒冰（510攻），穿云劍（510攻），青宏劍（570攻）等不錯的武器，可以買個好價錢，為在中期大都城買裝備作準備。

 走到大漠邊緣沒追到韋一笑卻在見到了布袋和尚說不得，之后無忌被他裝入乾坤袋帶去了光明頂議事廳，明教眾人因為言語不和發生武功爭斗，所有人均被成昆偷襲，無忌出手擊傷成昆，并追著他進入了明教東庭院，然后進入楊不悔的房間見到了她和小昭，楊不悔趕去了議事大廳，而無忌與小昭繼續追成昆進入了秘道，兩人中了成昆的陷阱。在尋找道路的時候無忌在練功室獲得了乾坤大挪移心法，練不練無所謂，用處不大，非常難練，并且威力和實際并不符合，上面寫的是防加65-75，實際卻只有30，并且持續時間超短。之后進入四個不同的房間內才能走出去，光明頂密道32個房間對應如下（順序由上而下）：
少陰主間 少陽主間 太陰主間 太陽主間
訟之間：5號門 無妄之間：2號門 旅之間：4號門 中孚之間：6號門
姤之間：4號門 同人之間：1號門 否之間：7號門 大有之間：9號門
困之間：4號門 屯之間：7號門 蹇之間：1號門 小畜之間：4號門
鼎之間：1號門 噬嗑之間：0號門 謙之間：8號門 泰之間：1號門
解之間：2號門 復之間：5號門 豫之間：5號門 覆之間：0號門
師之間：7號門 既濟之間：6號門 遯之間：6號門 夬之間：8號門
井之間：8號門 離之間：9號門 艮之間：9號門 干之間：9號門
坎之間：9號門 明夷之間：4號門 坤之間：0號門 歸妹之間：7號門

 需要說明的是要把房間里的骷髏會部消滅了，門才能打開，如果走錯了，會在原房間不變，但不需要消失里面的骷髏可以直接開門了，小心火骷髏，噴一下就費你200+的血，有必要使用一陽指干掉他們。在訟之間滅掉癲狂骷髏，小昭就會告訴無忌離開的方法，按照小昭的提示最后會進入大石室，無忌推開石門即可離開。趕到圣火壇發現六大派已經開始與明教開戰，無忌出手與六大派高手一一對戰，勝利后在光明頂議事大廳無忌被推舉為新的教主。這時忽然得報有大量敵人來犯，因為明教此時元氣大傷，無忌令所有人全部退入密道內。