第二階段

舵羅爾亞基地

獵人訓練場所，用于研究“希力歐斯”的暴亂原因。
關卡要點：這里是由8個小的訓練關卡集合而成的。在主畫面中的背景上可看到3排點陣，由高到低代表每個小關卡能得到的上中下等評價。訓練關卡的難度是互動的，前一關的表現決定了你下一關的難度，同時也決定了你的起評檔次。只要你失敗一次，難度就會下降一檔。每次表現達到最好標準就會讓下次訓練課程提升一檔難度。此外，后期訓練關卡之間的行進跳躍有一定的難度。

隱藏要素

1.在第四段訓練進入第五段訓練之間的地方，畫面左上角高處有隱藏的配件，需要讓艾克斯從右上角高處反身沖刺過去（按X鍵）就能到達。還有一個必要的前提是艾克斯已學會了迫擊炮彈。
2.在第六段訓練進入第七段訓練之間的地方，利用沖刺就能得到稀有金屬，對杰洛很有用。
3.訓練關卡每次都能得到上等評價，可得到稀有金屬。或者大多為上等評價，一兩次為中等評價，也可得到稀有金屬，兩種金屬作用不同。
特別關卡：這里的挑戰是很多人夢寐以求的，也是勾起老資格洛克人玩家美好回憶的地方。如果玩家可達到這關從頭到尾不丟一格血，而且每一小關都能以快速度擊敗敵人而使自己拿到所有上等評價，那么在最后就要進入Boss決戰前會得到與昔日8位機上的Boss——剪刀人重逢的機會。不過前提要求很難達到，難度比較BT。
Boss：向日葵
自身屬性：光
相克屬性：暗
Boss戰技巧：向日葵看上去并不兇惡，初期會在地面射出一條激光，遇墻后會反彈，要注意跳躍躲避。當它的HP減至一定程度后，激光會變為兩條，這時要一邊利用艾克斯的沖刺本領，一邊利用它制造的障礙物躲避。當它的HP減至一半后會出現貫穿屏幕的紅色巨型光柱，對主角的威脅就更大了。另外，它釋放一種籠子具有捕捉效果，假如被捉住后要馬上更換人來脫身。向日葵閃光效果時是不受攻擊傷害的，當它剛剛鉆出地面時打擊它最為有效。

南極冰山

環境試驗中心系統失靈，需要盡快恢復運作。
角色建議：首選艾克斯，其余一個在杰洛和艾克賽爾之間任意挑選。
關卡要點：本關類似于賽車形式，按Z鍵是剎車，X鍵是加速。沿途的敵人很容易對付，難點在于很多冰川的深坑地段需要借助跳板飛越，所以掌握方向和時機是需要一定技巧的。途中會遇到Boss駕駛著飛機兩次攔截主角，第一次需要在躲避和射毀小兵、炮彈之后，利用飛機接近地面時射擊機體，多次重復方能打敗對方。第二次破壞飛機的良機出現在兩種時刻，其一是在飛機正面對準自己，并向主角沖撞而來時，但在射擊幾槍后，要馬上避開其威猛的撞擊；其二是在飛機貼近地面飛行時，按X鍵加速迫近飛機連續攻擊它，但很容易被飛機尾部扔出的東東擊中。

隱藏要素

1.打完第二次飛機時主角會自動跳離飛車，在和Boss決戰的門前會有個T字形墻壁，使用杰洛的2段跳上去。這里的難度較大，首先要在T字形墻壁的某一特定點往外跳之后，然后再看準時機跳一次才可能跳上去。跳上去之后會看到有好幾個冰塊擋在前面，這時用艾克賽爾的雷射槍化之，進去就能取得配件。
2.緊接著往畫面左邊走，向前騰空沖刺飛起不要停，直到看到平臺再落下來，上去后得到稀有金屬。 
Boss：雪崩怪
自身屬性：冰
相克屬性：電
Boss戰技巧：戰斗在齊腰深的雪地進行。冰屬性的雪崩怪一開始會釋放冰晶攻擊，注意選擇缺口躲開，可考慮艾克賽爾的滯空攻擊。失血過多之后它會從雪地里使出升龍拳，而后還會放出大型雪花試圖凍住玩家，要靈活使用換人功能。使用電屬性的攻擊會收到事半功倍的效果。

火山地獄

鎮壓正在發生暴動的廢物處理場。
角色建議：選擇杰洛和艾克賽爾搭檔比較合適。
關卡要點：對玩家跳躍能力要求很高的關卡（擅長游戲《鉆子先生》的朋友就感覺很容易了），要連續不斷借助平臺往下跳，屏幕始終往上卷軸，稍有遲疑就會被卡死。注意有一些平臺上會有踏一下過數秒鐘就會引發爆炸的油桶，還有某些階段有橫貫屏幕的激光傷人。在一段由尖刺和管道構成的房間中，需要小心的敵人是一種持冷凍槍的小兵，被其射中后身體會被凍結，短時間內無法活動。戰勝Boss之后的階段逃生時，屏幕變成了往下卷軸，需要連續往上跳避免被通紅的巖漿燒死。

隱藏要素

1.在那段有尖刺和管道構成的房間最高處的左邊墻壁上，尖刺中間有一個小洞口，此刻無法進入其中。但在此段最底部有一個噴火飛人，利用艾克賽爾的復制功能復制這個飛人，然后再回到最上層就可進入洞口取得杰洛的武器。 
2.還是在這一段中，某處地板踩上去感覺很不牢靠，控制杰洛掄起大錘子敲碎地板，掉下去可得到稀有金屬。
3.艾克斯的腿部配件H，但中間有管道阻擋不能直接過去拿，需要從下面多次利用2段跳跳上去才能得到。
4.穿過一個房間后，是第二次朝下跳的場景，先別急著下去，借助空中的幾個平臺，跳到出口的正上方，進入隱藏房間得到稀有金屬。
獎勵關卡：往下一直跳，測試此段地域的深度。
Boss：火焰鳥
自身屬性：火 
相克屬性：冰
Boss戰技巧：火焰鳥擅長一些火屬性的高招，開始表現為噴火飛鏟。當HP減到1/4時會令主角腳下的5個油桶不斷起伏，注意不要讓自己站在最高或最低的油桶上。當它只剩下1/2HP時會在屏幕左右兩側冒出高高的火柱，此后它還會向一側噴火，這里因為地域狹窄，所以盡快利用雙重攻擊來干掉它比簡單躲避要實際一些。

神秘堡壘

搜索反重力研究所上空出現的不明建筑物。
角色建議：選擇艾克斯和杰洛搭檔
關卡要點：這一關由很多小房間組成，房間里的紅色按鈕可讓房間順時針180度旋轉，而另外的綠色按鈕則會順時針90度旋轉房間。出口傳送點呈現綠色的發光半球狀，有時候出口被箱子擋住了，需要多次旋轉房間才能找到，但要小心不要讓自己被旋轉后落下的箱子砸死了。最難的是一處有著6個箱子的房間，箱子中會伸出尖刺，還會依次掉落，主角需要在其間尋找空隙靈活躲避，歷經多次考驗后才能離開房間。

隱藏要素

1.從上述最難的有著6個箱子的房間出來后，接下來的一個房間里有著許多尖刺和兩個綠色傳送點，將房間連續翻轉多次，進入其中一個傳送點，就可得到盔甲配件。
2.在那個需要上多級臺階的地方，左上角有一個箱子，讓杰洛跳到箱子上面，之后換成艾克斯在箱子上面使用水晶墻，按S鍵蓄力形成的水晶可把箱子里面的東西帶出來，這就是杰洛的某種特殊武器。 
3.行進到最后一個四周都是尖刺、中間是移動的箱子的房間時，左下角有杰洛的功夫扇。不過要得到有些棘手，需要利用艾克賽爾的復制功能在這一關開始時復制一種可在尖刺上行走的敵人，之后變成他的樣子就可取得了。
Boss：螞蟻精
自身屬性：重力 
相克屬性：暗
Boss戰技巧：戰斗開始后攻擊你的仿佛是那些充滿靈性的箱子，螞蟻精倒像是一個旁觀者，局外人。它不斷改變重力的方向來讓箱子四散跌落來砸你。等到螞蟻精開始在房間中央營造出一個黑洞時，實際上代表著反擊它的機會已悄然來臨。當心它發出的一種綠色小球有捕捉作用，一旦被抓需要轉換角色脫身。當其HP只剩1/2時這廝會不停地放大量的箱子砸你，左右沖刺躲避是最適合的。

海上神壇

阻止目標移動，恢復都市管理系統。
角色建議：關卡對3個人物的能力要求沒有區別，故可任意搭配。
關卡要點：這一關和電影《第五元素》的一些片段很相似，屬于3D狀態下的追逐和射擊模式，要在盡量避免撞上沿途障礙物的同時，注意吃到路上那些補充武器槽的光球，還要抓緊時間射擊敵人，關鍵是按S鍵按鈕加速緊追敵人，本關有時間限制，轉了3圈還沒有打倒對方就失敗了。
Boss：閃電水母
自身屬性：電
相克屬性：地
Boss戰技巧：戰斗在一個小平臺上進行，初期閃電水母不停地來回飛，看準了躲開它的攻擊并且不停射它就可以了。1/4HP時開始發出6個小水母，并且放出電閃柵欄把你困住。要注意的是它此時的飛行路線會發生變化。在僅余1/2HP時啟動大型閃電傷害很大。釋放之前仔細觀察地面，有亮光的地方就是閃電要劈下的地方。最后還會放傘狀閃電和大水母，這時單純躲避不是辦法，還要伺機在自己生命受損時給予對方更大打擊。注意被水母抓住時換人即可。

火箭森林

找出火箭保存處發生異常反應的原因。
角色建議：選擇艾克斯和艾克賽爾搭檔比較合適。 
關卡要點：大樹參天的森林里，有著與眾不同的特點。本關玩家可駕駛一種機器人作戰了，如此這般，不僅戰斗力更強，而且還是拿到隱藏物品的必要前提。如何控制好機器人的行動是過關的關鍵。通過傳送帶和升降平臺將機器人送到更遠的地方需要一定的技巧和手段。此外，主角艾克賽爾的復制人功能和艾克斯的沖刺功夫也是需要靈活運用的高招。

隱藏要素

1.打完第一批機器人時出去，會看到兩只拖著爆炸球的彈頭怪，打死它們之后把機器人放在升降梯，升上去之后換成艾克賽爾駕駛機器人，先讓機器人在空中飛一小段之后，此后讓艾克賽爾脫離機器人，馬上浮在空中飛過去，在大樹旁邊的小平臺上會得到配件。 
2.一開始的噴水池那里有一只身體較高而且會變成球滾來滾去的機器人，用艾克賽爾復制彈干掉它取得DNA后再繼續往前走直到剛才拿配件的那個地方，在那里往下跳直到底部往左走會看到一個小通道，一般人進不去，這時就讓艾克賽爾變身為剛才那個可變球的機器人進去拿稀有金屬吧。
3.繼續往前走會看到有刺的傳送帶上會有一些箱子在移動，這時就抓緊時機沿中間的道路進去，之后繼續往左走會看到一個機器人，騎上穿越傳送帶，接著往右邊的平臺飛，到了之后先離開機器人繼續往前走，前方有一個開關，按下去平臺會自動下降，這時回去接著駕駛機器人跳上平臺，借助它摧毀黑色的箱子，在地面有圖樣的地方使用艾克斯的水晶墻功夫，獲取稀有金屬。
4.完成上述第三步后，千萬不要讓機器人毀掉，駕駛它繼續前進。不要讓它踩爆所有箱子，之后會到達背景有金屬的場景，讓機器人從尖刺傳送帶傳送進去，自己撞一次后利用隱身進入，之后駕駛機器人，到盡頭得到稀有金屬。
Boss：熊貓怪
自身屬性：木
相克屬性：火
Boss戰技巧：熊貓怪一開始會發射從天而降的竹筍炸彈，它受打擊多次后會低頭從后背發射手雷，而且如果你靠近它后，它還會周身冒火。當其剩下1/2HP時，從地面會立起大竹子攻擊你，它還會在周圍做出半球狀的紫色防護罩。小心應付它的進攻，干掉它還是比較容易的。

金屬村

在金屬采掘場發生暴亂，要盡快趕到現場鎮壓。
角色建議：選擇艾克斯和杰洛搭檔。
關卡要點：在金屬采掘場一開始就被一個巨型機器人追，一邊逃命一邊還得對付沿途的小兵，逃到盡頭需要打開吊車的開關，控制吊車臂吊著的鐵爪撞擊機器人的頭部。擊打開關3次就可打退機器人。機器人擊退后轉身就逃，追趕它時射擊其上部會有大量金屬掉落。當它逃進房間后，在半空的L形走道里來回擊打兩頭的開關，控制吊車臂吊著的鐵爪撞擊機器人的頭部6次就可徹底打癱瘓它。

隱藏要素

1.最初逃亡的階段可看到巨大的恐龍骨架，跳上去在末端沖刺可取得稀有金屬。
2.在一個小土坡下方有一個凹處被石頭和油桶堵住了，在上面打開開關，啟動吊車。之后機器人轉身逃跑時，從高處的懸崖往吊車沖刺，接連跳過幾個吊車臂上的高空木臺，最后得到稀有金屬。
3.原先被封住的凹處現在可打爆油桶進入，可得到艾克斯的身體配件I。
4.在機器人逃跑的后期，在一個凹溝里，使用水晶墻就可得到稀有金屬。 
Boss：滾石甲蟲
自身屬性：地
相克屬性：重力
Boss戰技巧：滾石甲蟲外面裹著一層厚厚的甲殼，當它脫掉甲殼時才能有效打擊它。它會釋放金黃色的水晶和飛行的紫色水晶攻擊玩家，而后還會在地面左右沖刺撞擊主角。避過之后打擊它，不是太難的挑戰。

黑暗地域

潛入地下兵隊基地，停止其一切武器生產活動。
角色建議：選擇艾克斯和艾克賽爾搭檔。
關卡要點：陰森黑暗的建筑物內，玩家沿著走廊前進，探照燈有規律的掃射，一旦被發現了就會觸發警報，來去的道路均被封閉，走廊旁邊的房間里就會出現一些士兵，此處的要點是必須把持盾的士兵頭目消滅掉才可繼續通行。由于小頭目可施展防護罩功夫，所以這里也是打出空前絕后的999連擊之最佳機會（如圖22）。關卡后半部分出現了幾次需要乘坐升降平臺時，而在樓道里會有一段段的激光射線，這時需要玩家用手扣住平臺邊緣，躲在遠離射線源的另一端方能避險。

隱藏要素

1.在進入有很多探照燈的走廊后，在走廊盡頭可看到對面的小平臺上面有個血瓶，跳到平臺上，并攀附墻壁向上進入一個入口。利用艾克賽爾的變身能力變成士兵（按A鍵），按S鍵向門前打瞌睡的士兵敬禮，他就會規規矩矩地開門。進入發電機房后，在發電機前的地板上，利用艾克斯的水晶墻得到稀有金屬。 
2.接著用艾克斯的閃電打拳功夫，連續對著發電機放電用，發電機就會開始工作，之后整個黑暗地域的燈就全亮了。離開發電機房，沿來路回去，發現剛才經過的走廊半空中有多處平臺，在最遠端的平臺上得到稀有金屬。
3.之后需要按照最初的方向前進，在剛才進入發電機房的入口處跳下去，在下層的走廊盡頭有兩處平臺，最高處的平臺上有杰洛的新武器。
4.本關最后的游戲后半段最后一個需要乘坐升降平臺的樓道里，平臺不停往下降，但是如果抓緊時機不斷沿墻壁往上跳，右邊會有隱藏房間，在其中獲得艾克斯的身體配件H。
Boss：黯夜螳螂
自身屬性：暗 
相克屬性：光 
Boss戰技巧：黯夜螳螂初期的威力很弱小，完全沒有Boss的氣質，但是一旦你小瞧了它的威力就會上大當。它第一個讓你吃驚的是放出黑色的追魂箭，雨點一般地落在地面。而之后的扇形光波斬更是力發千鈞，紫色的攻擊范圍覆蓋了足足一半的屏幕。要躲開這種攻擊，只有看你是否能在其出招前看準方向，利用沖刺迅速躲到另外一邊去，同時利用其短暫的不設防時段反戈一擊。